El 21 de enero de 2009, con un episodio doble, comenzó la quinta temporada y penúltima de la serie. En esta temporada los flashbacks y flashforwards perdieron el protagonismo, aunque fueron utilizados en la parte final de la temporada, mientras que en la primera parte los viajes en el tiempo se robaron el protagonismo para explicar como sucedieron algunos hechos antes de que los sobrevivientes del vuelo 815 de Oceanic se estrellará en la Isla el 22 de septiembre de 2004.
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E01 · Porque te fuisteenero 2009 · 43 min
E02 · La mentiraenero 2009 · 42 min
E03 · Cabeza huecaenero 2009 · 43 min
E04 · El Principitofebrero 2009 · 43 min
E05 · Este lugar es la muertefebrero 2009 · 43 min
E06 · 316febrero 2009 · 43 min
E07 · La vida y muerte de Jeremy Benthamfebrero 2009 · 46 min
E08 · LaFleurmarzo 2009 · 43 min
E09 · Namastémarzo 2009 · 43 min
E10 · Él es nuestro túmarzo 2009 · 43 min
E11 · Lo que pasó, pasóabril 2009 · 43 min
E12 · Muerto es muerto
Para expiar los pecados del pasado, Ben debe intentar invocar al monstruo de humo para ser juzgado.
abril 2009 · 43 min
E13 · A algunos les gusta Hothabril 2009 · 43 min
E14 · La variable
Daniel Faraday desvela por fin qué es lo que sabe sobre la isla.
