Temporada 1

Ao resgatarem uma jovem mutante chamada Jubileu, os X-Men travam contato com os Sentinelas, robôs criados para capturar mutantes. Magneto ataca uma base de mísseis e uma indústria química para se vingar do humanos. Wolverine reencontra seu antigo inimigo, Dentes-de-Sabre. Scott Summers e Jean Grey são sequestrados pelos Morlocks, mutantes de aparência desagradável que se exilaram nos túneis de New York. Tempestade, Gambit e Jubileu são mantidos como escravos na ilha de Genosha. Vampira procura pela Cura Mutante, e Apocalipse cria seus Quatro Cavaleiros e ataca a humanidade. Os X-Men confrontam o Fanático. Um viajante do futuro, Bishop vem para impedir que o assassinato do Senador Kelly leve a um futuro terrível para humanos e mutantes. Magneto se alia aos X-Men para impedir que as Sentinelas, comandadas pelo Molde-Mestre dominem a humanidade.