E01 · Con El Agente Especial John Doggett es asignado como compañero de Scully para ayudarla en sus casos y en la búsqueda de Mulder. noviembre 2000 · 45 min
E02 · Sin Cuando la búsqueda de Mulder se intensifica en el desierto de Arizona, Gibson Praise le dice a Scully que se está acercando a su objetivo. Mientras, el Director Adjunto Kersh informa al Agente Doggett de que ha sido asignado como sucesor de Mulder en los Expedientes X. noviembre 2000 · 45 min
E03 · Paciencia Los agentes Scully y Doggett deberán investigar unas extrañas mordeduras que sufren los habitantes de un pequeño pueblo de Ohio. noviembre 2000 · 45 min
E04 · Roadrunners Scully se adentra en el mundo de las sectas cuando, tras rechazar la ayuda de Doggett, se desplaza sola a Utah para invetigar una extraña muerte. noviembre 2000 · 45 min
E05 · Invocación En 1990 un niño desapareción del patio de su colegio. Diez años después parece haber regresado a casa por fin, pero el problema es que está exactamente igual que el día que desapareció: no ha crecido. diciembre 2000 · 45 min
E06 · Nemirc Un abogado despierta en prisión a muy poco tiempo de ser ejecutado como sentencia por el asesinato de su esposa. Aunque no recuerda nada, el tiempo empieza a retroceder para él dándole la oportunidad de enmendar sus acciones. diciembre 2000 · 45 min
E07 · Vía negativa Trabajando sin ayuda de Scully, Doggett y Skinner investigan los misteriosos asesinatos de un líder cultista, para descubrir que tiene la capacidad de entrar en la mente de las personas que conoce para matarlas mientras duermen. diciembre 2000 · 45 min
E08 · Erradicación total Un agente estatal es asesinado dentro de una celda por un disparo a través del techo. Las pistas conducen a Scully y Doggett a dos exterminadores de insectos. enero 2001 · 45 min
E09 · Desguace Un hombre cuya sangre se está convirtiendo en metal a causa de un experimento decide vengarse de los culpables de su extraña enfermedad. enero 2001 · 45 min
E10 · Badlaa Un Indio cuyo hijo murió en un accidente en una planta química viaja a los Estados Unidos para vengarse.
enero 2001 · 45 min E11 · El don Doggett descubre un antiguo caso que Mulder le ocultó a Scully y continúa su investigación, confiando poder encontrar alguna conexión con la desaparición de Mulder. febrero 2001 · 45 min
E12 · Medusa Scully y Doggett deben luchar contra reloj para encontrar y erradicar una enfermedad contagiosa de los túneles del metro de Boston. febrero 2001 · 45 min
E13 · Reproduccion asistida Un hombre se contacta con Scully y Doggett para decirles que su esposa fue asesinada después de dar a luz a un bebé alienígena. Scully comienza a investigar sobre la fertilización extraterrestre en humanos y llega a cuestionarse la naturaleza de su propio embarazo. febrero 2001 · 45 min
E14 · No puede estar pasando esto Tras el paso de un misterioso OVNI, Teresa Hoese aparece al borde de la muerte. Su inexplicable estado y su posterior desaparición del hospital llevan a Scully, Doggett y Skinner a investigar a un hombre, Absalom, quien cree que la invasión a manos de seres extraterrestres es inminente. febrero 2001 · 45 min
E15 · Muerto vivo Tres meses después del funeral de Mulder, un barco pesquero encuentra el cuerpo de Billy Miles. Pero un descubrimiento increíble llevará a Doggett a levantarse temprano para ir junto a Skinner al lugar que menos imagina, a hacer algo todavía más increíble. abril 2001 · 45 min
E16 · Tres palabras El FBI no acepta la petición de Mulder de ser reasignado a los Expedientes X, e incluso sugieren que tal vez debería dejar la agencia. Por otro lado, un asesinato en la Casa Blanca hace que Mulder comience a investigar. abril 2001 · 45 min
E17 · Empédocles Mulder y Scully están pasando una agradable velada cuando ella sufre un desmayo. En el hospital, el agente no podrá acompañar a su amiga porque sólo pueden pasar los familiares, pero se encontrará con Doggett, que está preocupado por su compañera. abril 2001 · 45 min
E18 · Vienen Doggett es enviado a una plataforma petrolera para investigar la muerte de un trabajador mexicano, pero Mulder cree que lo que ocurrió fue culpa de la exposición al oro negro. abril 2001 · 45 min
E19 · Solo Comienza la baja por embarazo de Scully y Doggett tiene una nueva y poco experimentada compañera llamada Leyla Harrison. El entusiasmo incial de la joven desaparecerá cuando se enfrente a su primer caso y Mulder y Scully tendrán que acudir en su ayuda. mayo 2001 · 45 min
E20 · Esencia Mulder y Doggett investiga el incendio de un laboratorio de genética donde fue asesiando uno de los doctores que investigaba la fertilización alienígena. Allí encuentran a Billy Miles, que ha sido cambiado por una réplica tras ser abducido y trata de hacer desaparecer las pruebas. Cuando descubren que una mujer que ayuda Scully forma parte de la conspiración, los agentes, con Monica Reyes y Alex Krycek, se ocupan de proteger Scully y a su bebé. mayo 2001 · 45 min
E21 · Existencia Mulder, Doggett y Skinner tratan de poner al descubierto la conspiración que los replicantes ocultan tras la fachada del FBI mientras Reyes y Scully se ocultan en una granja donde la agente dará a luz a su bebé. mayo 2001 · 45 min
