En su tercera y última temporada, Æon Flux se convirtió en un programa independiente con cada episodio dado un intervalo de tiempo de media hora con comerciales.
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E01 · Utopia o Deuteranopiaagosto 1995 · 23 min
E02 · Episodio 2agosto 1995 · 22 min
E03 · Episodio 3agosto 1995 · 24 min
E04 · Una ultima vez para todo
Trevor finalmente consigue lo que quiere cuando clona a Æon.
agosto 1995 · 23 min
E05 · El Demiurgoseptiembre 1995 · 24 min
E06 · Episodio 6septiembre 1995 · 23 min
E07 · Episodio 7septiembre 1995 · 22 min
E08 · Teoria del Eterseptiembre 1995 · 22 min
E09 · La Purga
Æon descubre un complot de Trevor para instalar conciencias artificiales en sus súbditos.
octubre 1995 · 23 min
E10 · Fin Siniestro
Æon persigue a Trevor hacia un futuro lejano donde conoce en qué se ha convertido la raza humana.
