Inicialmente a acontecimientos que ocurren inmediatamente después de los de la primera temporada, la línea de tiempo de ~ After Story ~ se extiende durante varios años en el futuro. La temporada comienza con la siguiente Tomoya Okazaki, mientras estudiaba en la escuela secundaria y comienza su vida con Nagisa , a quien le ha profesado su amor. Como su vida en pareja comienza, Tomoya y Nagisa se casan en la graduación , y poco después, ella se revela que está embarazada.
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E01 · Adiós al final del veranooctubre 2008 · 24 min
E02 · En busca del falso amoroctubre 2008 · 24 min
E03 · Corazones fuera de sincronizaciónoctubre 2008 · 24 min
E04 · Con la Misma Sonrisa de Aquel Díaoctubre 2008 · 24 min
E05 · La temporada en la que estuviste allíoctubre 2008 · 24 min
E06 · Por siempre a tu ladonoviembre 2008 · 24 min
E07 · Donde ella pertenecenoviembre 2008 · 24 min
E08 · Una batalla valientenoviembre 2008 · 24 min
E09 · A lo largo del caminonoviembre 2008 · 24 min
E10 · Una temporada de comienzosdiciembre 2008 · 24 min
E11 · La Promesa del Festival del Día del Fundadordiciembre 2008 · 24 min
E12 · Un suceso repentinodiciembre 2008 · 24 min
E13 · Graduaciónenero 2009 · 24 min
E14 · Una nueva familiaenero 2009 · 24 min
E15 · En los restos del veranoenero 2009 · 24 min
E16 · Oscuridad Blancaenero 2009 · 24 min
E17 · Hora de veranofebrero 2009 · 24 min
E18 · Los confines de la tierrafebrero 2009 · 24 min
E19 · El camino a casafebrero 2009 · 24 min
E20 · La travesura de Tidal Breezefebrero 2009 · 24 min
