Durante la primera mitad de esta temporada el equipo liderado por Mike debe hacerse con las seis tarjetas de Scylla, vitales para derrotar a La Compañía. El grupo está configurado por Michael Scofield, Lincoln Burrows, Fernando Sucre, Sara Tancredi, Brad Bellick y Alexander Mahone. Todos ellos están bajo el control de su superior, el agente Donald Self. Para el sexteto, a excepción de Sara, el hacerse con las tarjetas de Scylla es la única manera de liberar sus cargos, y ser libres una vez acabada la misión.
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E01 · Scyllaseptiembre 2008 · 45 min
E02 · Entrar y salirseptiembre 2008 · 45 min
E03 · Apagadoseptiembre 2008 · 45 min
E04 · Águilas y ángelesseptiembre 2008 · 45 min
E05 · Sanos y salvosseptiembre 2008 · 45 min
E06 · Explosiónseptiembre 2008 · 45 min
E07 · La cinco por las malasoctubre 2008 · 45 min
E08 · El preciooctubre 2008 · 45 min
E09 · Grandeza conseguidanoviembre 2008 · 45 min
E10 · La clavenoviembre 2008 · 45 min
E11 · Motín silencioso
El equipo logra su plan al robar Scylla. Gretchen y T-Bag les tienden una trampa a Don y a Trishanne.
noviembre 2008 · 45 min
E12 · Desinteresados
Michael y el equipo finalmente logran dar con Scylla, pero les espera una terrible sorpresa.
noviembre 2008 · 45 min
E13 · Con o sin tratodiciembre 2008 · 45 min
E14 · ¿Negocio nada más?diciembre 2008 · 45 min
E15 · Subconscientediciembre 2008 · 45 min
E16 · El estado del soldiciembre 2008 · 45 min
E17 · Carga maternaabril 2009 · 45 min
E18 · Versusabril 2009 · 45 min
E19 · H.D.P.mayo 2009 · 45 min
E20 · Indios y Vaquerosmayo 2009 · 45 min
E21 · Tasa de cambio
Caras conocidas vuelven a ayudar a Michael en su intento por derrotar a la Compañia de una vez por todas.
mayo 2009 · 45 min
E22 · Final del número
Caras conocidas vuelven a ayudar a Michael en su intento por derrotar a la Compañia de una vez por todas.
