La tercera temporada consta de 13 episodios y es la continuación del final de la segunda temporada, donde la mayor parte de los personajes principales terminan en Panamá. Lincoln es exonerado de sus presuntos crímenes, mientras Michael es encarcelado por cargos de homicidio en la Penitenciaría Federal de Sona, junto con Mahone, T-Bag y Bellick. Michael se ve obligado a escapar de prisión nuevamente, coaccionado por La Compañía para que se fugue y entregue a James Whistler, a cambio de la liberación de LJ y Sara.
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E01 · Orientación
Michael lucha por sobrevivir en la cárcel de Panamá. Lincoln busca a Sara y recibe noticias de su hijo.
septiembre 2007 · 41 min
E02 · Fuego / Agua
Michael trata de garantizar la seguridad de Whistler; Lincoln investiga a Sophia.
septiembre 2007 · 45 min
E03 · Llamada en esperaoctubre 2007 · 45 min
E04 · Buenas vallasoctubre 2007 · 42 min
E05 · Interferenciaoctubre 2007 · 45 min
E06 · Photo Finishnoviembre 2007 · 45 min
E07 · Vámonosnoviembre 2007 · 45 min
E08 · Sangre y fuegonoviembre 2007 · 45 min
E09 · Enjauladoenero 2008 · 45 min
E10 · Bajo tierraenero 2008 · 45 min
E11 · Abajo y fuerafebrero 2008 · 45 min
E12 · Contra viento y mareafebrero 2008 · 45 min
E13 · El arte de la negociaciónfebrero 2008 · 45 min
