La segunda temporada consta de 22 episodios y es continuación directa del final de la primera temporada. Comienza ocho horas después de la fuga de prisión y se centra principalmente en la supervivencia de los fugitivos. Un nuevo personaje importante se introduce esta temporada: el agente del FBI, Alexander Mahone, a quien se le asigna el trabajo de capturar a los ocho de Fox River. Los fugitivos recorren todo el país para no ser encontrados por la policía. Cada uno tiene sus metas individuales, sin embargo, varios coinciden en Utah, donde hay 5 millones de dólares enterrados (Dinero que Charles Westmoreland o "D.B. Cooper", enterró antes de ser capturado). El argumento secundario de esta temporada es el interés de La Compañía por localizar y eliminar a Lincoln Burrows y a los demás fugitivos.
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E01 · Caceríaagosto 2006 · 45 min
E02 · Otisagosto 2006 · 45 min
E03 · Scanseptiembre 2006 · 45 min
E04 · Primer caídoseptiembre 2006 · 45 min
E05 · Mapa 1213septiembre 2006 · 45 min
E06 · Subdivisiónseptiembre 2006 · 45 min
E07 · Enterradooctubre 2006 · 45 min
E08 · Atrapadooctubre 2006 · 45 min
E09 · Desenterradooctubre 2006 · 45 min
E10 · Rendezvousnoviembre 2006 · 45 min
E11 · Bolshoi Boozenoviembre 2006 · 45 min
E12 · Desconexión
Sara se libera de su verdugo. Michael y Lincoln deciden dejar de correr y enfrentar a sus perseguidores.
noviembre 2006 · 45 min
E13 · La caja de la muertenoviembre 2006 · 45 min
E14 · El desconocidoenero 2007 · 45 min
E15 · El mensaje
Michael y Lincoln revelan su historia en televisión. Michael entrega su mensaje cifrado a Sara.
