La temporada comienza en la misma escena del último episodio de la cuarta temporada, Sydney Bristow y Michael Vaughn en el coche camino de sus vacaciones. Tras el accidente Sydney queda inconsciente, cuando se recupera ha llegado ya la ambulancia y la policía. Se llevan a Vaughn y ella se queda en el coche y ve cómo un 'policía' va a ponerle una inyección. Huye por un campo de maíz mientras la persiguen. Vuelve al coche y ve cómo un helicóptero se lleva a Vaughn. Sydney vuelve a Los Ángeles y Vaughn está desaparecido. Al investigar acerca del pasado de Vaughn, sale a la luz una antigua organización de estudiosos de Rambaldi llamada Profeta Cinco, que resurge a raíz de los avances en la investigación sobre la obra de Rambaldi efectuada en los últimos años por Sydney, Sloane y Elena Derevko.
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E01 · Profeta cincoseptiembre 2005 · 44 min
E02 · ...1...octubre 2005 · 43 min
E03 · La cabañaoctubre 2005 · 44 min
E04 · Pájaro Burlónoctubre 2005 · 44 min
E05 · Fuera de la cajaoctubre 2005 · 43 min
E06 · El solitarionoviembre 2005 · 43 min
E07 · Hecho consumado
Sloane decide traicionar a Dean cuando descubre que la condicional de Nadia no prosperará.
noviembre 2005 · 43 min
E08 · Bobdiciembre 2005 · 44 min
E09 · El horizontediciembre 2005 · 43 min
E10 · S.O.Sabril 2006 · 43 min
E11 · Instinto Maternalabril 2006 · 44 min
E12 · Solo hay una Sydney Bristowabril 2006 · 43 min
E13 · 30 Segundosmayo 2006 · 44 min
E14 · Veo gente muerta
Un chip informático es encontrado en el cuerpo muerto de Renée, llevando a Sydney a contactar con Vaughn.
