La segunda temporada de Phineas y Ferb se inició en Disney XD el 19 de febrero de 2009, y en Disney Channel el 27 de marzo de 2009. Una vista previa de la temporada fue el 23 de enero de 2009 en Toon Disney, con el episodio Tip of the day. La temporada cuenta con los dos hermanastros en vacaciones de verano tratando de hacer cada día el mejor día, mientras que su hermana trata de atraparlos. Los diez personajes principales son: los hermanos Phineas Flynn y Ferb Fletcher, el agente secreto Perry el Ornitorrinco, su hermana mayor, Candace Flynn, el malvado Dr. Heinz Doofenshmirtz, la adorable vecina Isabella Garcia-Shapiro, Linda Flynn (la mamá de los chicos), el jefe de Perry, el Mayor Monograma, Buford Van Stomm y Baljeet.
Los personajes recurrentes son Jeremy Johnson, Stacy Hirano y muchos más.
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E01 · El monstruo del Lago Naricesfebrero 2009 · 24 min
E02 · Entrevista con un ornitorrincofebrero 2009 · 11 min
E03 · El tema del díafebrero 2009 · 11 min
E04 · El ataque de la hermana de 50 pies
Es el festival de verano y hay diferentes concursos. Candace quiere presentarse al concurso de belleza.
febrero 2009 · 11 min
E05 · El acuario del jardín
Phineas y Ferb construyen un acuario gigante en el jardín para su pez.
febrero 2009 · 11 min
E06 · El día de la gelatina viviente
Candace queda con sus amigas para hacer pasteles de gelatina con distintas formas.
febrero 2009 · 11 min
E07 · Elemental, querida Stacyfebrero 2009 · 11 min
E08 · Ni pestañeéisabril 2009 · 11 min
E09 · Chez Ornitorrincoabril 2009 · 11 min
E10 · Perry pone un huevoabril 2009 · 11 min
E11 · Jugando con el sistema
Phineas y Ferb hacen una máquina capaz de meterte dentro de un videojuego.
abril 2009 · 11 min
E12 · Las crónicas de Meapabril 2009 · 22 min
E13 · Tadeus y Thorjunio 2009 · 11 min
E14 · ¡El avión! ¡El avión!junio 2009 · 11 min
E15 · Pruébalo aquíjunio 2009 · 11 min
E16 · En el lavadero de coches
Las amigas de Phineas y Ferb están recaudando dinero para salvar al topo de nariz estrellada.
junio 2009 · 11 min
E17 · Oh, ahí estás, Perryjulio 2009 · 11 min
E18 · La familia de Robinson-Flynnjulio 2009 · 11 min
E19 · El escondite
Phineas y Ferb se quedan solos en casa con sus amigos en un día de lluvia.
julio 2009 · 11 min
E20 · Esa sensación de hundimientojulio 2009 · 11 min
E21 · Los Baljeatles
Phienas y Ferb escuchan un lamento extraño e insoportable que viene de casa de Baljeat.
julio 2009 · 11 min
E22 · Brusquedad Vanessasariajulio 2009 · 11 min
E23 · Se acabaron los conejosagosto 2009 · 11 min
E24 · Un día en el balnearioagosto 2009 · 11 min
E25 · El boogaloo del quantum de Phineas y Ferbseptiembre 2009 · 22 min
E26 · Los diez mejores videoclips musicales de Phineas y Ferboctubre 2009 · 22 min
E27 · Chicos burbujaoctubre 2009 · 11 min
E28 · Isabella y el templo de saviaoctubre 2009 · 11 min
E29 · ¡Alegra esa Cara, Candace!octubre 2009 · 11 min
E30 · Congreso de Chicas Exploradorasoctubre 2009 · 11 min
E31 · El código de los matonesoctubre 2009 · 11 min
E32 · Buscando a Mary McGuffin
En el jardín de los Flynn han hecho un mercado de segunda mano con cosas viejas.
octubre 2009 · 11 min
E33 · Retrátalonoviembre 2009 · 11 min
E34 · Baile de pazguatosnoviembre 2009 · 11 min
E35 · ¿Qué sabe hacer?
Phineas y Ferb ven un documental sobre los descubrimientos de la tecnología inversa.
noviembre 2009 · 11 min
E36 · Atlántidanoviembre 2009 · 11 min
E37 · Las vacaciones de Navidad de Phineas y Ferb
Es el día de Nochebuena, todos preparan la Navidad, y el profesor Doofenshmirtz planea arruinarla.
diciembre 2009 · 36 min
E38 · Pasaba por aquí...febrero 2010 · 11 min
E39 · El gran día de Candace
Candace va a ser la encargada de preparar la boda de su tía Tiana en el jardín de casa.
febrero 2010 · 11 min
E40 · Era un robot de mediana edad
Candace y su padre se preparan para el campeonato anual de picnic padre-hija de los tres estados.
febrero 2010 · 11 min
E41 · La brusca Suzy
Jeremy pide a Candace que por favor cuide a su hermana pequeña mientras él va a trabajar.
febrero 2010 · 11 min
E42 · Carl, agente secreto
Phineas y Ferb quieren construir una máquina antigravitatoria para desafiar la gravedad.
febrero 2010 · 11 min
E43 · Hip hip desfilefebrero 2010 · 11 min
E44 · La invasión de los ladrones de Ferbfebrero 2010 · 11 min
E45 · No es ningún juego de niñosfebrero 2010 · 11 min
E46 · No son Phineas y Ferb
Phineas y Ferb ya tienen un fan, que tiene su habitación decorada con todos sus inventos.
febrero 2010 · 11 min
E47 · Las pilladoras de Phineas y Ferb
Candace encuentra un plan perfecto para pillar a sus hermanos: trabajar en grupo.
febrero 2010 · 11 min
E48 · El susurrados de lagartosmarzo 2010 · 11 min
E49 · Rodeo robotmarzo 2010 · 11 min
E50 · El Pico
Phineas y Ferb crean un super-héroe llamado El Pico.
marzo 2010 · 22 min
E51 · Ella es la alcaldesajunio 2010 · 11 min
E52 · El puesto de limonadajunio 2010 · 11 min
E53 · Vacaciones hawaiianas de Phineas y Ferbjulio 2010 · 11 min
E54 · Vacaciones hawaiianas de Phineas y Ferb (Parte 2)julio 2010 · 11 min
E55 · ¡El verano te pertenece!agosto 2010 · 48 min
E56 · Igual de intelectuales
Phineas y Ferb se van a un congreso de fantasía y ciencia ficción.
agosto 2010 · 22 min
E57 · El mago de Ufseptiembre 2010 · 22 min
E58 · Nosotros lo llamamos laberinto
Phineas y Ferb crear un gran laberinto.
octubre 2010 · 11 min
E59 · Damas y caballeros les presentamos a Max Modernooctubre 2010 · 11 min
E60 · El secreto del éxitooctubre 2010 · 11 min
E61 · El lado Doof de la lunaoctubre 2010 · 11 min
E62 · Personalidad dividida
Phineas y Ferb crean un separador molecular, una maquina que descompone las cosas en sus componentes.
octubre 2010 · 11 min
E63 · Agota cerebros
Phineas y Ferb y todos sus amigos están enfermos en la cama y se comunican por videoconferencia.
octubre 2010 · 11 min
E64 · Montaña rusa: ¡el musical!enero 2011 · 22 min