E01 · Equinocio (Parte 2) Siete de Nueve ha sido secuestrada y la Voyager tiene a un espía entre su tripulación. Continúa la búsqueda de la nave USS Equinox. Janeway estará dispuesta a utilizar cualquier medio para conseguir su objetivo. septiembre 1999 · 44 min
E02 · Instinto de supervivencia Tres ex miembros del colectivo Borg visitan la Voyager. A pesar de que ya no pertenecen a los Borg hay un importante vínculo que les une a Siete de Nueve. septiembre 1999 · 44 min
E03 · La barcaza de los muertos Inexplicablemente aparece un grupo de Klingons que mata a la tripulación de la Voyager. La única superviviente, B'Elanna, aparece en la barcaza que lleva al infierno Klingon, según las creencias religiosas de esta especie. octubre 1999 · 44 min
E04 · Pensador, tenor, doctor y espía El Doctor sido rechazado para ser nombrado Comandante Médico de Urgencia. Mientras disfruta de sus fantasías holográficas, unos alienígenas le monitorizan con el objetivo de atacar a la Voyager. octubre 1999 · 44 min
E05 · Alice Tom Paris repara una antigua lanzadera y consigue un dispositivo que hace que la máquina responda directamente a sus pensamientos. El vínculo emocional con la lanzadera irá aumentando progresivamente hasta llegar a una fase peligrosa. octubre 1999 · 44 min
E06 · Acertijos Volviendo de una misión Tuvok es atacado por un alienígena que daña su cerebro. Ahora tendrá que volver a aprenderlo todo, incluso el control de sus emociones. noviembre 1999 · 44 min
E07 · El diente del dragón Al repeler el ataque de unos alienígenas de avanzada tecnología, la Voyager descubre una civilización perdida que ha dejado a algunos de sus miembros en hibernación. Cuando revive a uno de ellos, Siete de Nueve desencadena una serie de acontecimientos potencialmente mortíferos. noviembre 1999 · 44 min
E08 · Un pequeño paso Al descubrir un extraño fenómeno, la tripulación de la Voyager se da cuenta de que se trata del mismo que absorbió a un módulo tripulado de una de las primeras misiones humanas a Marte. A pesar del peligro, Chakotay y Paris se introducen en el fenómeno para investigar. noviembre 1999 · 44 min
E09 · Conspiración en la Voyager Habiendo descargado más información de la que puede procesar, Siete de Nueve comienza a ver conspiraciones por todas partes. Tras informar en secreto tanto a Janeway como a Chakotay, se las arregla para reavivar los destructivos recelos que existen entre los miembros de la Flota Estelar y los Maquis. noviembre 1999 · 44 min
E10 · El explorador Obsesionado con entrar en contacto con la Voyager, y cada vez más dependiente de una versión holográfica de su tripulación, el teniente Reginald Barclay desafía las órdenes directas de abandonar la investigación de su proyecto y atrae el interés de la consejera Deanna Troi. diciembre 1999 · 44 min
E11 · Fair Haven Visitando Fair Haven, una recreación holográfica de un pueblo irlandés, Kathryn Janeway se siente atraída por el camarero local. Tras reprogramarle un poco, y borrar a su esposa, Janeway se siente demasiado enamorada del personaje holográfico. enero 2000 · 44 min
E12 · En un abrir y cerrar de ojos Atrapada en la órbita de un planeta donde el tiempo pasa mil veces más deprisa, la Voyager es considerada un objeto celestial por los habitantes del planeta, quienes finalmente desarrollan la tecnología necesaria para alcanzarla. enero 2000 · 44 min
E13 · El virtuoso Los arrogantes Qomar desprecian la tecnología de la Voyager, inferior a la suya, hasta que escuchan cantar al Doctor. Fascinados por este fenómeno desconocido, los Qomar reciben al Doctor como a una estrella, y le invitan a quedarse con ellos para siempre. enero 2000 · 44 min
E14 · El monumento Cuando Chakotay, Tom Paris, Harry Kim i Neelix vuelven de explorar un planeta comienzan a experimentar recuerdos comunues de haber tomado parte en una atrocidad alienígena, y Kathryn Janeway no sabe qué pensar. Pero lo más extraño es que la propia Janeway también parece compartir esos recuerdos. febrero 2000 · 44 min
E15 · Tsunkatse Secuestrada y obligada a participar en el combate mortal llamado Tsunkatse, Siete de Nueve tiene que aprender a luchar por su vida mientras intenta liberarse a si misma y a su compañero Tuvok, que está herido. febrero 2000 · 44 min
E16 · El colectivo Chakotay, Paris y Neelix son capturados por un cubo Borg que se comporta de una manera errática, y Janeway descubre que el cubo está pilotado por niños Borg. Sin embargo, los niños no vacilan en amenazar las vidas de sus cautivos. febrero 2000 · 44 min
E17 · Los espíritus Cuando los habitantes de Fair Haven se enteran de la capacidad para alterar la realidad de los amigos de Tom Paris, los aldeanos holográficos creen que son el Pueblo de los Espíritus y reaccionan mal ante la idea. febrero 2000 · 44 min
E18 · De cenizas a cenizas Una nave que huye entra en contacto con la Voyager, y su piloto aifrma ser Lindsay Ballard, una mujer miembro de la tripulación de la Voyager que fue asesinada tres años antes. Aunque la recién llegada no se parece nada a Ballard, Harry Kim cree su historia. marzo 2000 · 44 min
E19 · Juegos de niños Aunque la Voyager consigue encontrar el rastro de los padres de Icheb, el joven drone Borg, éste se muestra disgustado con el reencuentro, y Siete de Nueve se muestra reticente a dejar volver al muchacho. Se desencadena un tenso conflicto de voluntades. marzo 2000 · 44 min
E20 · El buen pastor Tras ser informada de que tres miembros de la tripulación han suspendido una prueba de aptitud, Janeway les lleva consigo a una misión que pone en peligro la vida de los cuatro oficiales. marzo 2000 · 44 min
E21 · Larga vida y prosperidad Utilizando la identidad de Janeway y Tuvok, un grupo de artistas de la imitación van de un sistema planetario a otro realizando lucrativos fraudes. Acusados los verdaderos de las estafas, la Voyager persigue a los impostores. abril 2000 · 44 min
E22 · La musa Varada tras un accidente con una lanzadera, B'Elanna descubre que, pese a las amenazas de su celosa novia, un poeta local la ha adoptado como su musa, para que le ayude con una obra concebida para traer la paz a sus congéneres. abril 2000 · 44 min
E23 · Furia Una Kes mayor y deforme regresa a la Voyager, desactivando los sistemas de la nave y utilizando el núcleo Warp para vengarse de Janeway y la tripulación, a quienes acusa de su actual y extraño estado, y retrocede en el tiempo. mayo 2000 · 44 min
E24 · Enlace vital Cuando se entera de que su creador, Lewis Zimerman, se está muriendo, el Doctor es transmitido de vuelta al cuadrante Alfa para ayudarle. Intentando ayudar a su truculento padre, el Doctor descubre que su propio programa se está degradando peligrosamente. mayo 2000 · 44 min
E25 · El embrujo de la cubierta 12 Con la nave sin energía, los niños Borg se despiertan y encuentran a Neelix esperándoles con una linterna de plasma. Neelix intenta calmar a los niños con un cuento, y tiene lugar la historia del fantasma de la cubierta 12. mayo 2000 · 44 min
E26 · La Unimatrix Cero (Parte 1) Habiendo soñado con un hermoso bosque, Siete de Nueve se da cuenta de que ha tenido una visión de la Unimatrix Cero, una construcción Borg donde los drones pueden mantener su individualidad. Mientras la reina Borg intenta blindar la construcción, Janeway se une a la Unimatrix Cero donde la reina Borg la descubre y quiere vengarse. mayo 2000 · 44 min