E01 · Un nuevo día en la vieja ciudad La segunda temporada comienza con el impactante regreso de Olivia desde la desconcertante realidad alternativa, mientras Peter desconoce que compite con una omnipresente fuerza en una carrera contra el tiempo tratando de conseguir información de la visita de Olivia. Walter vuelve al laboratorio para cocinar algo de ciencia marginal y, por supuesto, unas natillas para el cumpleaños de Peter. septiembre 2009 · 44 min
E02 · La noche de los objetos deseados Un trabajador de Pennsylvania desaparece de una carretera en construcción y es misteriosamente absorbido hacia un túnel subterráneo en el que se encuentran restos humanos. La División Fringe investiga qué es lo que ha ocurrido. septiembre 2009 · 44 min
E03 · Fractura Peter, Walter, Olivia y Broyles investigan un extraño caso en Philadelphia, donde ha explotado una bomba en una estación de tren sin dejar rastro de ningún tipo de explosivo. Con la amenaza de más bombas y enlaces a un proyecto militar clasificado, la intensa investigación conduce a Peter y Olivia hasta Irak. octubre 2009 · 44 min
E04 · Inercia retrasada La agente Dunham, que aún se recupera de su visita traumática a la realidad alternativa, cuenta con la ayuda de Walter para ir recuperando la normalidad poco a poco. Mientras tanto, el equipo investiga una serie de robos. octubre 2009 · 44 min
E05 · La lógica del sueño Olivia, Peter y Walter deben viajar a Seattle para investigar un misterioso incidente relacionado con un hombre que atacó a su jefe porque creía que era una criatura malvada. El equipo explora la conexión entre este incidente y los sueños. octubre 2009 · 44 min
E06 · Terrícola La División Fringe investiga un caso en que las personas se convierten en cenizas por descargas de alta energía. Sorprendentemente, descubren una conexión con el pasado de Broyles. noviembre 2009 · 44 min
E07 · Acción humana Un desconcertante secuestro producido en Nueva York lleva a la División Fringe a descubrir una fuerza de inimaginables consecuencias. El misterio y la amenaza aumentan cuando el equipo detecta una conexión entre el secuestro y Massive Dynamics. noviembre 2009 · 44 min
E08 · Agosto La División Fringe esta muy cerca del Observador, o quizás de varios de ellos, cuando investigan una abducción en Boston. Mientras tanto, Walter, Peter y Astrid entran en el laboratorio para analizar una extraña prueba y lidiar con el insaciable apetito de Walter por los merengues. noviembre 2009 · 44 min
E09 · La lombriz El equipo de Fringe investiga cuerpos con criaturas creciendo dentro de ellos. Olivia, Peter y Broyles descubren a una peligrosa organización ligada a estos sucesos. diciembre 2009 · 44 min
E10 · Materia gris Una institución mental es investigada después de que un paciente fuera operado y empezara a mostrar un sensible incremento de sus facultades mentales. La investigación de las cintas de seguridad revela algo inesperado. diciembre 2009 · 44 min
E11 · Desenterrado Una adolescente declarada con muerte cerebral se despierta en medio de la operación para extirpar sus órganos ... hablando números en ruso. Cuando la Armada confirma que los números son códigos de lanzamiento nuclear y un oficial desaparecido llamado Rusk los conoce, comienza la búsqueda para el hombre desaparecido. enero 2010 · 44 min
E12 · Ver o no ver Un niño es recogido en la carretera por la policia estatal, mientras es llevado a la comisaría sufre una transformación física. Tras enviar el informe del caso, la comisaría es asaltada por un grupo de personas con las mismas deformaciones físicas, matando a los policas y rescatando al niño. El equipo Fringe es asignado para la investigación del caso. enero 2010 · 44 min
E13 · Bajo la superficie Un hombre comienza a marearse y sus venas explotan. Olivia y Peter llegan a la escena para investigar el caso y descubren un virus mortal que se está expandiendo. enero 2010 · 44 min
E14 · La resurrección de Bishop Todos los invitados de una boda se asfixian y el equipo debe investigar cómo fue distribuida la toxina. Walter está convencido de que el suceso tiene relación con la familia Bishop. enero 2010 · 44 min
E15 · Jacksonville Un violento temblor de origen desconocido sacude un edificio de oficinas de Manhattan. Solo sobrevive una persona, lo que hace pensar que no es de este mundo. Walter supone que no se trata de ningún movimiento geológico, sino más bien de algo que descubrió en sus investigaciones con William Bell años atrás. febrero 2010 · 44 min
E16 · Peter En un flashback, Walter le explica a Olivia que en 1985 construyó una ventana que le permitió presenciar los eventos de un mundo alterno. En el otro mundo, Walter está trabajando en una cura genética para su hijo. abril 2010 · 44 min
E17 · Olivia, en el laboratorio, con un revólver Una mujer sana, muere de cáncer en cuestión de minutos. Después de más casos en las mismas circunstancias, el equipo Fringe investiga las misteriosas muertes que parecen haber sido transmitidas por contacto, todas las víctimas tienen relación a pruebas con Coretexiphan. Mientras tanto, Olivia trata de tomar una decisión sobre su descubrimiento acerca del orígen de Peter. abril 2010 · 44 min
E18 · Tulipán blanco Todos los pasajeros de un tren han muerto súbitamente y sus aparatos electrónicos también se han quedado sin batería de repente. Durante la investigación, Peter se da cuenta de que algo no va bien con Walter. abril 2010 · 44 min
E19 · El hombre del otro lado El asesinato de dos adolescentes a manos de unos cambiantes pone al equipo sobre la pista de Newton y su gente, un rastro que conduce a Massive Dynamic. Mientras tanto, Peter revela a Olivia ciertos aspectos sobre su familia. abril 2010 · 44 min
E20 · Betty marrón Para sobrellevar mejor las malas noticias que lo rodean, Walter decide contarle a la sobrina de Olivia, Ella, un cuento de hadas protagonizado por Olivia y el agente Broyles. abril 2010 · 44 min
E21 · En busca de un significado Peter se une a un policial local, el sheriff Mathis, para investigar a un asesino en serie que está relacionado con Newton. Mientras tanto, Walter se enfrenta a la posibilidad de volver de nuevo a Santa Clara. mayo 2010 · 44 min
E22 · Al otro lado (1ª Parte) Walter y Olivia visitan el 'otro lado' y se ven obligados a sacrificarse personalmente para prevenir la colisión de los dos universos. mayo 2010 · 44 min
E23 · Al otro lado (2ª Parte) En la segunda parte del final de temporada de dos partes, se harán sacrificios y ambos universos nunca podrán ser los mismos después de que Walter y Olivia visiten el “otro lado”. mayo 2010 · 45 min